نیروهای انسانی باید مجری بخش عمدهی سیستم کنترلی باشند و حتی بهترین نیروهای آموزشدیده با بالاترین قدرت تصمیمگیری، میتوانند دچار آشفتگی، اختلال یا بیدقتی شوند. بر این اساس، حسابرسان داخلی باید نسبت به محیط کارشان هوشیار باشند و از واکنش کارکنان نسبت به تغییرات در رویهها و سیاستها مطلع باشند. اغلب، یک حسابرس هوشیار میتواند انحراف از کنترلها و یا حتی تقلب را از طریق توجه نمودن به کارکنان و عادات رفتاری روزمرهی آنها کشف نماید.
برخی از محدودیتهای ناشی از کنترلهای داخلی، ممکن است به دلایل زیر ایجاد شود:
مناسب نبودن اهداف تعیین شده که پیشنیاز کنترلهای داخلی هستند.
متکی بودن به قضاوتهای انسان در تصمیمگیریها که میتواند ناقص و توام با تعصب باشد.
قابلیت مدیریت و سایر کارکنان در تبانی کردن بهمنظور دور زدن و ناکارآمد ساختن کنترلها.
رویدادهای خارج از کنترل سازمان که بر کنترلهای داخلی اثر میگذارند.
فزونی هزینههای کنترل، در مقایسه با منافع آنها.